一、操作系统的选择
FTP服务器首先是基于操作系统而运作的，因而操作系统本身的安全性就决定了FTP服务器安全性的级别。虽然Windows98／Me一样可以架设FTP服务器，但由于其本身的安全性就不强，易受攻击，因而最好不要采用。WindowsNT就像鸡肋，不用也罢。最好采用Windows2000及以上版本，并记住及时打上补丁。至于Unix、Linux，则不在讨论之列。
二、使用防火墙
端口是计算机和外部网络相连的逻辑接口，也是计算机的第一道屏障，端口配置正确与否直接影响到主机的安全，一般来说，仅打开你需要使用的端口，将其他不需要使用的端口屏蔽掉会比较安全。限制端口的方法比较多，可以使用第三方的个人防火墙，这里只介绍Windows自带的防火墙设置方法。
1.利用TCP/IP筛选功能
在Windows2000和WindowsXP中，系统都带有TCP/IP筛选功能，利用它可以简单地进行端口设置。以WindowsXP为例，打开“本地连接”的属性，在“常规”选项中找到“Internet协议（TCP/IP）”，双击它打开该协议的属性设置窗口。点击右下方的“高级”按钮，进入“高级TCP/IP设置”。在“选项”中选中“TCP/IP筛选”并双击进入其属性设置。这里我们可以设置系统只允许开放的端口，假如架设的FTP服务器端口为21，先选中“启用TCP/IP筛选（所有适配器）”，再在TCP端口选项中选择“只允许”，点“添加”，输入端口号21，确定即可。这样，系统就只允许打开21端口。要开放其他端口，继续添加即可。这可以有效防止最常见的139端口入侵。缺点是功能过于简单，只能设置允许开放的端口，不能自定义要关闭的端口。如果你有大量端口要开放，就得一个个地去手工添加，比较麻烦。
2.打开Internet连接防火墙
对于WindowsXP系统，自带了“Internet连接防火墙”功能，与TCP/IP筛选功能相比，设置更方便，功能更强大。除了自带防火墙端口开放规则外，还可以自行增删。在控制面板中打开“网络连接”，右击拨号连接，进入“高级”选项卡，选中“通过限制或阻止来自Internet的对此计算机的访问来保护我的计算机和网络”，启用它。系统默认状态下是关闭了FTP端口的，因而还要设置防火墙，打开所使用的FTP端口。点击右下角的“设置”按钮进入“高级设置”，选中“FTP服务器”，编辑它。由于FTP服务默认端口是21，因而除了IP地址一栏外，其余均不可更改。在IP地址一栏中填入服务器公网ip，确定后退出即可即时生效。如果架设的FTP服务器端口为其他端口，比如22，则可以在“服务”选项卡下方点“添加”，输入服务器名称和公网IP后，将外部端口号和内部端口号均填入22即可。