●随着网络规模的扩大以及异构平台和不同技术的采用，尤其是网络带宽的迅速增长，IDS的分析处理速度越来越难跟上网络流量，从而造成数据包丢失；
●网络攻击方法越来越多，攻击技术及其技巧性日趋复杂，也加重了IDS的误报、漏报现象。
2、拒绝服务攻击
IDS是失效开放（FailOpen）的机制，当IDS遭受拒绝服务攻击时，这种失效开放的特性使得黑客可以实施攻击而不被发现。
3、插入和规避
插入攻击和规避攻击是两种逃避IDS检测的攻击形式。其中插入攻击可通过定制一些错误的数据包到数据流中，使IDS误以为是攻击。规避攻击则相反，可使攻击躲过IDS的检测到达目的主机。
插入攻击的意图是使IDS频繁告警（误警），但实际上并没有攻击，起到迷惑管理员的作用。规避攻击的意图则是真正要逃脱IDS的检测，对目标主机发起攻击。黑客经常改变攻击特征来欺骗基于模式匹配的IDS。
IDS发展趋势
在安全漏洞被发现与被攻击之间的时间差不断缩小的情况下，基于特征检测匹配技术的IDS已经力不从心。IDS出现了销售停滞，但IDS不会立刻消失，而是将IDS将成为安全信息管理（SIM）框架的组成部分。
在SIM框架中，IDS的作用可以通过检测和报告技术得到加强。分析人士指出，IDS的作用正转变为调查取证和安全分析。大约5年后，一致性安全管理以及内核级的安全技术将共同结束基于特征检测的IDS技术的使命。
美国网络世界实验室联盟成员JoelSnyder认为，未来将是混合技术的天下，在网络边缘和核心层进行检测，遍布在网络上的传感设备和纠正控制台通力协作将是安全应用的主流。
一些厂商通过将IDS报警与安全漏洞信息进行关联分析，着手解决IDS的缺陷。SIM厂商在实现安全信息分析的方式上开始采取更加模块化的方法，将安全漏洞管理、异常检测、网络评估、蜜罐模块与IDS模块搭配在一起，以更好地确定和响应安全事件。