（1）卵巢子宫内膜囊肿，囊壁较脆缺乏弹性，经血逐渐聚积，囊内压力不断增高，内容物可自囊壁的薄弱部位溃破，溢入腹腔刺激腹膜，引起腹膜炎，出现急腹症。
（2）子宫直肠窝阴道后穹隆，宫骶韧带等部位的子宫内膜异位症均可发生性生活疼痛，而且常于月经前较为明显。
（3）约30-70% 子宫内膜异位症患者伴有不孕症，在原因不明的不孕症患者中约70-80%的患者伴有子宫内膜异位症，患者常因盆腔器官粘连，使输卵管蠕动受阻或输卵管堵塞等机械因素导致不孕，亦可能为卵巢功能不全，自身免疫反映增强，前列腺素增加，泌乳素增高等因素有关。
（4）痛经为主要症状，为继发性且逐年加重，但也有少数病人无明显的痛经。异位的子宫内膜受卵巢激素的作用，与正常子宫内膜有同样的周期性变化，月经后半期，异位的内膜高度增厚充血，子宫内膜异位瘤内压力逐渐增加，行经时经血聚积囊内，使囊壁承受的压力骤然增加而引起疼痛。子宫内膜异位症痛经的特点多从月经前甚至周期后半期开始，持续整个月经期至月经后数日消失。疼痛部位多在下腹正中，或偏于一侧，病变浸及子宫直肠。月经过多，月经血量多，也是临床常见症状之一，一般月经周期规律表现为经血过多或带经日久(YIqig.cN)。
（5）当囊肿影响到激素生产时，可能出现诸如阴道不规则出血或毛体增多等症状。囊肿而发生扭转，则有严重腹痛腹帐、呼吸困难、食欲降低、恶心及发热等。
（6）较大的卵巢巧克力囊肿会对膀胱附近造成压迫，引起尿频和排尿困难。尤其当这些症状比较严重、出血频繁且同时出现时，女性患卵巢巧克力囊肿的可能性更高，病变恶性卵巢癌的危害就更大。