1、生殖器官疾病
子宫畸形如双角子宫、纵隔子宫、子宫发育不良。盆腔肿瘤，尤其是粘膜下肌瘤等均可影响胎儿的生长发育而导致流产。子宫内口松驰或宫颈深度裂伤都引起胎膜早破而发生晚期流产。
2、内分泌功能失调
受精卵在孕激素作用下，才能在子宫壁上着床，生长发育成胎儿。当体内孕激素分泌不足时，使子宫蜕膜发育不良，从而影响受精卵的发育，容易引起流产。如果前列腺素增多，会引起子宫肌肉的频繁收缩，也会导致流产。甲状腺功能降低，可使细胞氧化能力障碍，进而影响胚胎的生长发育而流产。
3、生育太晚
在如此大的社会压力下，很多夫妻都不想太早的要孩子，总想要奋斗几年再生孩子，但是当他们想要孩子的时候却怎么也怀不上了，变成了习惯性流产。随着年龄的增长以及现代社会的开放性身体环境受到的影响也比较大，如避孕药服用过多，人流过多等等都会引起习惯性流产(YIqig.cN)。
4、孕妇全身性疾病
孕妇患有流感、伤寒、肺炎等急性传染病，细菌毒素或病毒通过胎盘进入胎儿体内，使胎儿中毒死亡。高热可促进子宫收缩而引起流产。孕妇患有重度贫血、心力衰竭、慢性肾炎和高血压等慢性病，可因胎盘梗塞及子宫内缺氧而使胎儿残废，而致流产。孕妇营养不良，特别是维生素缺乏，以及汞、铅、酒精中毒均可引起流产。
5、胚胎发育不全
孕卵异常是早期流产的主要原因，在妊娠头两个月的流产中，约有80%是由于精子和卵子有某种缺陷，以致使胚胎发育到一定程度而终止，因此，这种流产的排出物中，见不到原始的胚胎组织。