功能性食管疾病的病因概要主要为四个方面：内脏感觉异常，包括外周感受器感觉、传导异常和中枢感受器处理异常;食管敏感性增加，与食管内pH值的变化有关;食管动力异常，痉挛性运动功能障碍常见;精神心理因素，与慢性胸痛患者和癔症相关。
1.内脏感觉异常
像其他功能性胃肠病的发病因素一样，内脏感觉异常在功能性食管疾病发病中的作削是被较为认可的，尤其在功能性烧心患者中。内脏感觉异常包括外周感受器感觉、传导异常和中枢感受器处理异常。电刺激、脑诱发电位和心率变异测定研究提示食管的局部刺澈伴有胸痛患者的中枢感受器处理异常，但有关中枢感受器处理异常的直接证据很少报道。
2.食管敏感性增加
食管内pH值的轻微变化可能引起不少患者食管的敏感性增加。酸反流和自发的吞气、暖气引起的食管扩张可能与胸痛有一定的关系。吞咽过急和频繁吞咽可能使空气滞留在食管近端而导致癔球症症状发作。
3.食管动力异常
在食管源性功能性胸痛患者中，常可观察到食管动力异常尤其是痉挛性运动功能障碍，但其真正作用并不清楚。食管腔内超声也观察到纵形肌的持久收缩，并与胸痛存证一定的关联性。食管蠕动功能失调在功能性吞咽困难患者起一定作用，不成功的或低幅度收缩顺序影响食管排空功能可致吞咽困难(yiqig.cn)。
4.精神心理因素
对于食管内酸反流在正常范围和存在异常酸反流的烧心患者，其精神心理因素并无差异;但在pH监测时显示烧心与酸反流完全无关的患者，确实存在明显的焦虑和躯体化症状。慢性胸痛患者存在较为明显的心理障碍性疾病，包括焦虑、抑郁和躯体化症状。96%的癔球症患者诉在精神紧张时症状加重。