1、引发贫血：
肛瘘出血与痔疮出血是同样的道理，短期出血并无什么大碍，但如果出血过多，出血过久，身体里的铁元素便会不断流失，时日久了，贫血症自然就随之而来。
2、影响肛门的正常功能：
肛瘘和肠炎一样，不是一朝一夕就能治好的，即便是治疗好了，护理不当也会造成复发，只要是反复发作，脓液就可穿破瘘管壁顺括约肌间隙蔓延，进而形成多发性、复杂性肛瘘，不但给治疗带来困难，还严重地影响了肛门的正常生理功能。
3、污水污染：
肛瘘一旦形成，脓性分泌物便会向外排出，如果剧烈活动，则外益更甚，首先是污染了内裤，其次是感染了皮肤，经过摩擦与刺激，瘙痒和疼痛会相继出现。这样一来，工作和学习便告瘫痪，身体及精神也会衰落。
4、危及邻近器官：
肛瘘是一种多发性疾病，长期拖延可形成直肠阴道瘘、直肠尿道瘘和直肠膀胱瘘，如此，危及周围脏器也就势在必然。如果是多年未愈(指没有彻底治愈)，发生恶变的可能性就会水涨船高。