我们知道，长期的精神不愉快或紧张会使人出现各种机体病变。这种以精神因素为诱因引起的躯体病变，被心身医学命名为心身疾病。
例如，精神紧张对有的人可引起消化系统病变。初期可仅表现为胃肠道功能紊乱，出现食欲不振、腹胀、吞酸等症状。如果精神紧张长期得不到缓解，病变则可能由功能紊乱发展到胃肠粘膜糜烂，转为器质性病变，成为消化系统溃疡。这是一种心理—生理—形态反应环节向着病变方向发展的结果。相反，保持精神愉快，会使机体各系统功能保持协调而有序化的状态，使机体免疫抗病能力增强，从而起到健身防病和治疗躯体病变的作用。这是机体心理—生理—形态反应环节向着有利于身体健康发展的过程。气功锻炼可使这种机制加强。
我们知道，练气功要取得好的效果，要求练功人必须达到入静状态。所谓入静状态，是练功人发挥意识能动性，放松心身，排除杂念，使意识逐渐由清醒进入到一种似睡非睡、似醒非醒状态的过程。放松心身与排除杂念主要靠自我暗示的方法。例如，本来是大白天，站在黄土地上练功，你可想象是在月光如洗的宁静夜晚，站在河边小树林的绿草丛中，想象自己的身体象青松一样挺拔屹立……将自己带入到一种自我创造的令人心旷神怡的意境中去。经过长期这样的训练，逐渐形成条件反射，再练功时，你就会很快使意识进入到入静状态。这种似睡非睡，似醒非醒的入静状态的心理生理学机制，乃是一种自我暗示与自我催眠。入静较深时，练功人仅知道自己是在练气功，大脑除自知练功这一区域保持清醒兴奋外，其它部分则进入主动的类似睡眠样的高效率的休息抑制状态，气功术语叫做“一念代万念”。
临床及实验结果表明，当人体处于这种状态时，从主观上练功人会感到心情非常舒畅，全身非常舒适，心胸非常开阔，整个心身都处于一种有效的放松和美好的感受中。从客观上可以检测到这种精神状态会直接影响神经内分泌的功能活动，进而影响全身各系统的功能活动向着协调有序化的方向发展，起到健身与治病的作用。这种心理—生理—形态过程，以及配合呼吸与运动的锻炼，是气功产生效应的重要机制。也是传统气功的真髓所在。所以我们说气功是人类向自身内部寻找健身方法的一门科学，是一门带有中华民族文化特色的自我心身锻炼的方法与科学。