以微波炉烹煮或加热食物，会破坏食物营养，使到食物的营养大大减少，因为电磁波辐射改变和破坏了食物的分子结构。有报告指出，微波食品的营养价值减少了60％至90％，包括矿物质和生化酶，维生素B、C和E，甚至连蛋白质的营养成分也减少了。
在医院中输血，需将从冰箱拿出的血加以温热才可输入人体，曾有护士为了急救病人节省时间，使用微波炉加温血液，一输入体后病人立即死亡，以后医院中严格规定，绝不可用微波炉去温热血液。而专门调制给婴儿服用的奶粉，盒上说明文字，明白写出绝不可用微波炉去煮热，因为它会破坏所有的营养。
有关微波炉所引起的各式伤害，苏联人作了许多研究，例如：(a) 肉类微波后，会产生一种致癌物，叫d-NitroSodienthanolanines。(b) 微波过的牛奶、水果、麦片，会将其中的氨基酸转化为致癌物。(c) 蔬菜微波后，会将植物生物碱(Plant Alkaloids)转化成致癌物。
在前苏联、德国、瑞士等国家，对微波炉造成人体伤害方面，作了许多的研究。发现有许多负面的结论：
(01)它破坏脑组织。脑的传播是靠磁波，微波炉处理过的食物，如长期食用，会中和脑磁波，使脑退化，磁波短路，此为长期副作用。
(02)微波炉食物，除了有致癌物之外，它还产生一堆不能为身体所吸收利用的不知名副产品。
(03)长期食用微波炉食物，使男女荷尔蒙分泌量减低或改变。
(04)微波炉食物的副产品，是长期而永久性的残存于人体内。
(05)食物中的矿物质，维生素及营养大量减少，（一起过www.yiqig.cn）或改变成致癌物，以及许多不能为身体所分解的合成物。
(06)微波炉烹煮的食物，使蔬菜中的矿物质，改变成会破坏人体的自由基。
(07)微波炉食物能引起胃癌，有些胃癌及肠癌，皆与吃太多微波炉食物有关，这或许解释了何以美国人近些年来，患直肠癌的比例如此迅速增加。
(08）长期吃微波炉食物，易使身体产生大量癌细胞。
(09)长期摄取微波炉食物，由于其中营养已被破坏，将使身体免疫系统出问题。
(10)这样的食物，终将使记忆退化，精神不集中，情绪不稳定，且理解力降低。