先天性生殖器畸形
隐睾是最常见的先天性器官异常，也就是先天性阴囊内没有睾丸，它包括睾丸下降不全、睾丸异位等。睾丸停留在腹腔内，处于相对高温下，睾丸生长受阻，逐渐萎缩，不能生成精子，缺乏生育力。更应该注意的是，睾丸停留在腹腔中，发生恶性肿瘤的机会会大幅增加。因此，应该高度重视隐睾症，及早纠正。一般来说，1岁以后还不下降就应去医院做手术。
除了隐睾外，其余一些常见的先天性发育异常也可导致男性不育。主要包括以下几种：
（1）器官先天性发育异常，不能进行正常夫妻生活。
（2）尿道上裂或尿道下裂，精液不能进入女方体内。
（3）输精管、精囊、前列腺的发育异常也同样影响生育。
男性器官先天畸形有的难以矫正，但有的疾病如能及时发现，在儿童时期及早进行手术是可以矫治的。
男性功能障碍及相关心理疾患
由性问题引起的不育症，往往被人们所忽视，由性问题引起的不育有多少，目前尚无确切的统计数字，这涉及到知识、生活、功能等诸多方面的问题。男性功能障碍是指20～50岁生理功能旺盛阶段的男子出现下面的各表现：生理异常，主要包括无生理欲、欲望低下等。
怀孕的先决条件必须有女性的卵子和男性的精子相互结合，患有ED、早泄，以及不射精、射精无能症，均可造成不育。
引起男性功能障碍的原因以功能性者占绝大多数，常见于房事过度等不正常的生活习惯和精神、心理因素如恐惧、紧张或缺乏信心等，造成神经内分泌功能失调。此外，某些药物也有抑制男性功能的作用。只有很少情况是由疾病等原因造成的，如见于脊髓损伤、慢性副性腺的炎症或内分泌疾患等。