腹式呼吸使气沉下丹田，若从现代解剖学观点看，在整个下丹田的范围，除了性腺、子宫、肾、膀胱外，占绝大部分是肠。练腹式呼吸过程中，口中津液分泌增多，所谓金津玉液，下咽以后直达小肠，在肠聚津的基础上，进行炼精化气，根据脏腑学说，大小肠是主津液的，特别是小肠，其体积之大，为五脏六腑之最，其总面积相当于皮肤的五倍（成人皮肤面积达17平方米），小肠不仅是食物消化和营养吸收的大本营，而且是机体能量的发源地，大肠则回收90%以上的水分和部分养分，人体的元气，精气神，全赖于小肠中水谷精微之变化，故有气血生化之源在小肠。中医学的“命门学说”及美国根达尼的“能量库学说”，共同之处皆指内脐下三寸----丹田。
腹式呼吸时，腹部有温热感，其皮肤温度可升高1至6度，这是机能旺盛和能量苏醒的象征，腹内小肠的消化液分秘增多，连胆汁也增加3至6倍，小肠的吸收功能增强，分清别浊的功能旺盛，其分清则吸收精微上升于心肺，从而输布于周身，现代医学为“能量辐射”，此时坐在旁边的人能感受到能量场的辐射，别浊则转输废渣渗入大肠，，为全身气机升降的枢纽。再由于腹式呼吸使横膈活动幅度增大，挤压腹腔脏器而直接按摩胃和小肠，使胃液分泌增多，令小肠蠕动和腺体分泌加强，促使小肠内的乳康液和消化液充分混合，彻底完成化学消化，肠鸣辘辘有声，并有蠕动感，或排泄矢气。在这样的机械运动过程中，转化成分子热运动，化学能、电能相继出现传递，使气功功能能加强，纳食增强，大便通畅，全身营养状况大为改观，面色红润，精力充沛，免疫力增强。
腹式呼吸另一方面又加强了大肠传输废物，排除毒素的功能，肠道的清洁是自然疗法最先考虑的，肠道是人体的排污系统，所以必须保持干净，80%的疾病是肠道不清洁引起的。可见大肠清洁对人体生命有重要的意义。练腹式呼吸三个月后，许多慢性结肠病变都会好转，大便质地和次数逐步趋向正常(www.yiqig.cn 一起过)。
腹式呼吸还可以增强肾功能。对其余系统的生理和生化有彻底唤醒和扭转的作用，其周身精气神饱和协调，能迅速入定，大脑功能得到全面充分增强和开发。