免疫功能紊乱是一个常用的医学名词，也是一个被滥用和乱用的医学名词，而且在中文医学相关内容中很常见。
我国的医学工作者喜欢把很多东西都推给免疫功能紊乱。将免疫系统的变化、免疫系统的局部状况、某些免疫因子指标不正常等称为免疫功能紊乱是不正确的，因为免疫功能是免疫系统的整体功能，免疫功能紊乱则说的是整体水平的功能不正常。
免疫功能紊乱具体有三种情况：
1.免疫缺陷：免疫系统的部分部门失去活力了，使得免疫系统的反应能力不足。发达国家导致免疫缺陷的主要原因包括肥胖、酗酒和毒品，在发展中国家则主要是营养问题。此外不少疾病会引起免疫缺陷，最著名的是以免疫系统为攻击对象的艾滋病。
2.自身免疫病：免疫功能过于活跃，使得将我当成敌，出现了诸多误伤。自身免疫病的发病率比想象的要高得多，美国达到1/12，而心脏病也不过1/20。自身免疫病多见于女性尤其是育龄妇女，还有家族史、环境和微生物感染的因素以及种族因素。
3.过敏：免疫系统的交流出现问题，导致免疫系统的功能一直处于应激的状态，不能及时关闭。哮喘症就是一个代表。原因有自身的原因和环境原因，自身原因以遗传为主，还有性别、年龄、种族等因素，环境原因有童年患传染病、环境污染、过敏原的水平和食物等。