肛裂通常发生在肛门瓣和肛门缘之间，内括约肌最下部浅面。初起只是肛管皮肤裂口，有的裂到皮下组织或括约肌。裂口呈线形或梭形，将肛管扩张，则呈圆形或卵圆形，边缘整齐，底浅有弹性，由纵肌将裂底与内括约肌分开。如治疗得当，可以痊愈。
由于内括约肌常痉挛收缩，裂口供血不足，且受到粪便和肛腺分泌物的刺激、感染，使裂口边缘增厚、周围充血、底硬，可见内括约肌环肌纤维。感觉敏感，轻微刺激可引起剧烈疼痛。
裂口下端皮肤因炎症改变，浅部静脉和淋巴回流阻碍，引起水肿和纤维变性，形成结缔组织外痔。裂口上端肛门瓣和肛乳头水肿和纤维变性，形成肥大乳头。
裂口的侧缘纤维变硬，周围组织发生脓肿，破溃到肛管，形成肛瘘。
裂口底部内括约肌纤维变性明显，处于痉挛状态，肛管压力增高(yiqig.cn)。
总之，肛裂可见到裂口、结缔组织外痔、肛窦炎、肛门梳硬结和瘘管几种病理改变。显微镜下可见肛管皮下肛窦通道、上皮样囊肿、肛腺、腺管进入平滑肌和纤维变性。