现在，许多益生菌已成为广为使用的健康食品，而最常用的是乳酸菌，许多研究报告证实对儿童的过敏及腹泻有所疗效。在台湾，市场上有许多益生菌产品贩卖，包括养乐多、优酪乳等，许多家长们常购买做为儿童的零食。这些益生菌的害处很少被报告，医学文献上仅有极少数成人病患，被报告因使用益生菌造成严重的感染疾病。
2005年1月份儿科医学杂志（J.Pediatrics2005,115:178-181），美国北卡罗来纳的兰德医师等报告2位儿童病例，年龄分别为6周及6岁，均因严重细菌感染而使用大量的抗生素治疗，但造成严重腹泻的合并症，故使用益生菌（乳酸菌）治疗腹泻。但在使用乳酸菌20～40天后，再度发烧，引起败血症，而且血液培养出乳酸菌后，经抗生素治疗后痊愈。
虽然乳酸菌为益生菌，对健康的成人及儿童均有所助益，对儿童腹泻也有所帮忙，但在体弱多病或免疫缺乏的幼儿，也可能引致败血症、心内膜炎，所以必须小心使用，甚至需暂时禁用。