具体说来，饮水机消毒应分为以下几个步骤：
一，拔去电源插头，取下水桶，打开饮水机后面的排污管，排净余水，因为排污管里的剩余水才是导致饮水机二次污染的关键。然后，再打开所有饮水开关放水。
二，用镊子夹住酒精棉花，仔细擦洗饮水机内胆。饮水机内胆由于直接与空气接触，很容易积聚细菌。用酒精擦洗，可以去除上面的污垢，为下一步消毒做准备。
三，将300毫升消毒剂溶解到2升左右水里，再装满整个饮水机内胆，并放置10—15分钟。
四，打开饮水机的所有开关，包括排污管和饮水开关，排净消毒液。
五，用7—8升的清水连续冲洗饮水机整个腔体，打开所有开关排净冲洗液体。有些人只用1升清水冲洗是远远不够的，会使消毒液残留在饮水机内。
六，用酒精棉花擦洗开关处的后壁，当用杯子盛水时，很容易碰到饮水机开关处的后壁，不能只用抹布擦洗。
饮水机消毒完后，还可能有微量的消毒液残留，不能马上饮用。应该先放一杯水，闻闻有没有氯气味。如果有，应该再放水，直到闻不出氯气味才能放心饮用。